Astfel că, după 250 de ani de la ridicare, lăcaşul a primit ziduri puternice de piatră şi un turn de veghe, întocmai ca unei veritabile cetăţi. Odată cu zidurile, în partea de nord-vest a bisericii s-a ridicat şi un turn clopotniţă, una dintre cele mai valoroase şi mai bine conservate exemplare de acest fel din epoca respectivă.
Alături de Biserica Sfântul Nicolae din Dorohoi, tot ctitorie a lui Ştefan cel Mare, din 1496, şi de Mănăstirea Coşula, din timpul domniei lui Petru Rareş,
Mănăstirea Popăuţi reprezintă singurele valori autentice de importanță internaţională. Sunt lăcaşuri cunoscute în toată lumea, pictura de interior reprezintă unicat şi constituie subiect de studiu în multe tratate de specialitate.
Ansamblul Mănăstirii Popăuți a fost inclus pe Lista monumentelor istorice din județul Botoșani din anul 2015, având codul de clasificare BT-II-a-A-01929 și fiind alcătuit din două obiective, și anume: Biserica "Sf. Nicolae"-Popăuți - datând din anul 1496, având codul BT-II-m-A-01929.01 și Turnul clopotniță - datând din 1496, având codul BT-II-m-A-01929.02.
În pictura bisericii, specialiștii spun că se regăsesc similitudini din punct de vedere cromatic cu frescele lui Giotto, în cea ce privește rafinamentul de tonuri: alburi ușor colorate, verde puternic cu tentă de albastru intens, rozuri-griuri colorate, ocruri calde și reci aplicate în câmpuri mari în special pe arhitecturi, ceea ce creează luminozitate și prețiozitate picturii. De asemenea, cromatica picturii de la Popăuți produce un efect dinamic puternic în ansamblul ei, dar și prin tendința de accentuare a scenelor religioase reprezentate în "Rugaciunea din grădina Ghetsimani" și "Trădarea lui Iuda", prin latura compozițională a acestei idei religioase.
Mănăstirea Sfântul Nicolae Domnesc - Popăuti
Hram: Sfantul Nicolae, Acoperamantul Maicii Domnului;
Acces: Municipiul Botoșanni, în apropierea garii
Staret: arhim. loan Harpa;
Adresa: str. Stefan I Mare nr. 41, Botosani, 710022, jud. Botosani;
Biserica Sfantul Nicolae Domnesc din Popauti a fost ctitorita de Sfantul Stefan cel Mare, in anul 1496, ca biserica de mir pentru locuitorii din zona. In anul 1751, pe seama ei s-a infiintat o manastire de calugari, construindu-se si un zid de incinta din piatra. In anul 1897, deja deteriorata, biserica este inchisa. Biserica este restaurata intre anii 1899-1906. In anul 1991, IPS Daniel al Moldovei ia decizia reinfiintarii asezamantului, care primeste o obste incepand cu anul 1996. Dupa reinfiintare s-a ridicat si o noua biserica, cu hramul Acoperamantul Maicii Domnului.