Sfântul Ioan Botezătorul a murit de moarte mucenicească, din cauza fărădelegilor lui Irod Antipa (mort în anul 39), fiul lui Irod cel Mare, cel care i-a ucis pe pruncii din Betleem.
Regele Irod Antipa, aprins fiind de patima desfrânării, a luat de nevastă pe soţia fratelui său, Filip, făcându-se astfel răpitor, desfrânat şi amestecător de sânge. Pentru aceasta, Sfântul Ioan Botezătorul, care era păzitor al Legii lui Dumnezeu şi propovăduitor al pocăinţei, îl mustra pe rege înaintea tuturor. Irod a poruncit ca prorocul să fie întemniţat, dar nu l-a ucis, pentru că se temea de popor şi chiar îl asculta uneori, luând aminte la cuvintele lui.
Şi a stat Sfântul Ioan Botezătorul mai multe luni în temniţă, în cetatea Maherus de lângă Marea Moartă. Şi, fiind cercetat de ucenicii săi, sfântul îi întărea în vestirea lui Mesia, Care venise în lume, trimiţându-i să-L vadă şi să-L asculte, după cum se arată în Sfintele Evanghelii.
Fiind ziua de naştere a lui Irod, regele s-a îmbătat şi după dansul fiicei Irodiadei, Salomeea, i-a promis acesteia că-i va îndeplini orice dorinţă. Sfătuindu-se Salomeea cu mama ei, a cerut de la Irod să-i taie capul Sfântului Ioan. Şi astfel, Sfântul Proroc Ioan Botezătorul a trecut la cele veşnice, la porunca unui rege împătimit şi a unei femei nelegiuite. El a apărat întreaga sa viaţă Legea lui Dumnezeu şi s-a învrednicit de cununi în cereasca Împărăţie a lui Hristos.
În predica la sărbătoarea Tăierii capului Sfântului Proroc Ioan Botezătorul, Preafericitul Părinte Patriarh Daniel evidenţiază care au fost prorociile sfântului: „Sfântul Ioan Botezătorul a prorocit două lucrări mari şi sfinte: Pogorârea Duhului Sfânt în chip de limbi de foc şi jertfa de pe cruce a Mântuitorului în apropierea Paştilor iudaice. Aşadar, el a prevestit că Mesia va veni în lume şi că-i va boteza pe oameni cu Duh Sfânt şi cu foc.
Această profeţie s-a împlinit la Cincizecime, când Duhul Sfânt S-a pogorât peste Sfinţii Apostoli în chip de limbi de foc. A doua mare profeţie a fost atunci când a zis: «Iată Mielul lui Dumnezeu Care ridică păcatul lumii» (Ioan 1, 29). În tradiţia iudaică, mielul care era adus jertfă la Templu pentru păcatele oamenilor era mielul pascal. Deci, prin aceasta, Sfântul Ioan a profeţit că jertfa Mântuitorului Iisus Hristos va avea loc la sărbătoarea Paştilor iudeilor”.