Astăzi, Biserica Ortodoxă cinsteşte a treia aflare a capului Sfântului Ioan Botezătorul, care s-a întâmplat pe vremea Patriarhului Ignatie, la anul 860, când un preot a găsit cinstitul cap la Comane, de unde a fost adus la Constantinopol şi aşezat în biserica Botezătorului de la Mănăstirea Studiţilor. Din Evanghelia Sfântului Evanghelist Matei aflăm că regele Irod, la un ospăţ mare prilejuit de ziua sa de naştere, i-a tăiat capul Sfântului Proroc Ioan Botezătorul, pe când acesta se afla întemniţat la castelul lui Irod din Maherus. Ioan îl mustra permanent pe Irod pentru că trăia nelegitim cu soţia fratelui său, spunându-i: „Nu ţi se cuvine s-o ai de soţie” (Matei, 14, 4). Din acest motiv, Irodiada îl ura de moarte pe Prorocul Domnului şi când i s-a oferit posibilitatea, a învăţat-o pe Salomeea, fiica ei, care dansase pentru Irod, să ceară capul Botezătorului drept răsplată.

După moartea Sfântului Proroc Ioan, ucenicii lui i-au luat trupul şi l-au îngropat cu cinste, dar capul său a avut o istorie aparte. Acesta a fost de trei ori pierdut şi de trei ori aflat, fiecare găsire a cinstitului cap fiind pentru creştini un nou îndemn la pocăinţă şi la credinţa în Iisus Hristos Domnul. Prima şi a doua aflare a capului Prorocului le cinstim în fiecare an la 24 februarie, ele având loc la Ierusalim şi la Emesa, în Siria. A treia aflare o cinstim astăzi, în 25 mai, după cum am amintit deja la început. 
Pe vremea Cruciadei a 4-a, cruciaţii latini, intrând în Constantinopol în 1204, au luat o parte din capul sfântului şi, ducându-l în Franţa, l-au aşezat în biserica din Amiens, unde se află şi astăzi.