Numele de Botoşani apare menţionat pentru prima oară în „Letopiseţul Ţării Moldovei” al lui Grigore Ureche, în anul 1439. Oraşul a avut o importanţă deosebită de-a lungul secolelor.
Potrivit Centrului Național de Informare și Promovare Turistică (CNIPT), o primă variantă a originii numelui ar fi că orașul își trage denumirea de la un boier pe nume Botaș, care a trăit pe aceste meleaguri la începutul mileniului II.
Numele familiei „Botaș” sau „Botășani” este pomenit în documente foarte vechi, încă de pe timpul lui Ștefan cel Mare, ca una din familiile alese ale Moldovei.
A doua explicație a numelui ar fi de la antroponimul „Botos”, iar a treia de la regionalismul „botoș”, care înseamnă „căpușă”. Alte variante ar fi cuvintele „botos” sau „botoșei”.
Dezvoltându-se atât de timpuriu și fiind situat la o răscruce de drumuri, Botoșaniul a devenit loc de schimb de mărfuri, fiind cunoscut de negustorii din cele mai îndepărtate locuri.
Începând cu secolul al XV-lea, dezvoltarea pe care o cunoaşte comerţul aduce oraşului venituri însemnate, iar prima Pecete a oraşului a fost un păun cu coada răsfirată, ce simboliza podoabele Doamnei Elena Rareș, cumpărate cu bani din venitul târgului.
De altfel, cea mai veche pecete cunoscută până acum a Botoşaniului, poartă inscripţia „Pecetea târgului Botaş".