A fost arestat pe 2 decembrie 1947, fiind acuzat de activitate politică ilegală, participare în cadrul unei organizaţii subversive şi complot. Judecat, a fost condamnat la 20 ani muncă silnică. Trecut prin închisori precum Oradea, Jilava, Gherla sau Aiud, a ajuns în Râmnicu Sărat la 10 august 1957, în urma participării la greva desfăşurată în Aiud în primăvara aceluiaşi an. Considerat un deţinut periculos, a fost transportat în condiţii de severă izolare, anticipându-se astfel perioada petrecută în penitenciarul buzoian, aflăm de pe memorialulramnicusarat.ro.
Temperament dârz, Puiu a fost pedepsit pe parcursul detenţiei în Râmnicu Sărat cu 100 de zile de izolare cu regim sever, protestând constant faţă de regimul carceral aplicat în penitenciar. A declarat greva foamei de patru ori, în nu mai puţin de 56 de zile.
Atitudinea sa l-a determinat pe comandantul Vişinescu să-l catalogheze drept "indisciplinat şi recalcitrant". În realitate, administraţia închisorii îi supunea pe deţinuţii politici unui regim de exterminare, Ion Puiu, precum majoritatea celor închişi aici, având o stare de sănătate foarte precară, marcată de distrofie, anemie şi numeroase alte boli. Gravelor probleme de sănătate li se adăugă insulta, ameninţările şi agresiunea. Desfiinţarea închisorii, la 13 aprilie 1963, a venit la timp, Puiu fiind eliberat din detenţie odată cu decretele de graţiere din 1964.
În libertate, Ion Puiu şi-a păstrat consecvenţa comportamentală, continuând să fie incomod regimului comunist. Astfel, în 1987 a încercat să-şi depună candidatura pentru Marea Adunare Naţională, gestul său ajungând să fie cunoscut în afara ţării şi determinând represalii din partea Securităţii.
După 1989 a fost ales vicepreşedinte al P.N.Ţ.C.D. şi a fost exponentul liniei dure a partidului. Alături de organizaţia de tineret a partidului a avut o poziţie intransigentă faţă de puterea neocomunistă, fapt ce i-a atras din partea acesteia acuzaţii de "fascism" şi "legionarism". Guvernul controlat de F.S.N. şi preşedintele statului au incitat la violenţă utilizând în acest scop chiar minerii din Valea Jiului şi tranşând astfel competiţia cu partidele democratice de opoziţie. În urma disensiunilor din P.N.Ţ.C.D., Ion Puiu a fost exclus din partid.
