După ce a deprins vieţuirea monahilor iscusiţi, luând binecuvântare, s-a retras într-una din peşterile Muntelui Negru Vodă, unde s-a nevoit aproape 50 de ani.
O dată pe săptămână, un ucenic al Cuviosului venea să-i aducă pâine şi apă, iar stareţul mănăstirii venea duminica, după Sfânta Liturghie, şi-l spovedea, apoi îl împărtăşea cu Sfintele Taine ale Domnului şi Dumnezeului şi Mântuitorului nostru Iisus Hristos.
Cunoscându-şi dinainte sfârşitul, Sfântul Ioanichie şi-a săpat singur mormântul în peştera sa, incrustându-şi în dreptul capului anul trecerii sale la cele veşnice - 1638. Şi aşezându-se în mormânt, a adormit întru Domnul la 26 iulie, iar un păianjen i-a ţesut deasupra trupului o pânză ca un epitaf.
Din rânduiala dumnezeiască, moaştele sale au fost aflate în timpul celui de-Al Doilea Război Mondial, în anul 1944, şi aşezate în biserica Mănăstirii Cetăţuia Negru Vodă, judeţul Argeş. În timpul regimului comunist au fost îngropate în pământ, dar, după 1989, când Biserica Ortodoxă Română şi-a recăpătat libertatea, au fost din nou aşezate în sfântul lăcaş de rugăciune al mănăstirii.