In perioada de preaderare a României la Uniunea Europeană, una din condiţiile impuse la Capitolul 22 Mediu, a fost şi declararea unor zone naturale protejate în care se găseau habitate, specii de floră şi faună protejate în spaţiul comunitar. Uniunea Europeană avea deja o Reţea ecologică intitulată generic Reţeaua ecologică europeană Natura 2000, care adapostea specii reprezentative pentru biodiversitatea ţărilor membre.

România a finalizat procesul de declarare a primelor zone naturale de interes comunitar, care au fost incluse în Reţeaua Natura 2000, în anul 2007. In judeţul Botoşani, au fost declarate atunci prin H.G. nr 1284/2007, 2 situri naturale protejate cu o suprafaţă de 4563,8 ha, pentru protecţia speciilor de păsări de interes comunitar, şi anume: Lacul Stânca Costeşti şi Iazurile de pe Valea Ibănesei, Başeului şi Podrigăi.

Deoarece in perioada următoare în România s-au identificat noi zone naturale eligibile a fi incluse in Reţeaua Natura 2000, s-a demarat o nouă campanie pentru declararea lor ca situri Natura 2000. Acest proces s-a finalizat cu apariţia unei hotărâri de Guvern care nominalizează noile arii de protecţie specială avifaunistică de pe teritoriul României.

Astfel, judeţul Botoşani mai are încă două zone naturale, cu o suprafaţă totală de 27.435,6 ha, şi anume: Dorohoi - Şaua Bucecei (aflată pe teritoriul a 13 comune, oraşului Bucecea şi municipiului Dorohoi) şi Rogojeşti–Bucecea (de pe teritoriul comunelor Mihăileni şi Vf Câmpului). In judeţul Botoşani, suprafaţa totală a siturilor Natura 2000 declarate pentru protecţia unor specii de pasări de interes comunitar a crescut la 31.999,4 ha.

In zonele respective pot fi continuate activităţile tradiţionale ca şi până acum, dar vor fi evaluate mai atent activităţile care pot genera poluarea sau deteriorarea habitatelor, precum şi perturbări ale speciilor de păsări pentru care au fost desemnate ariile respective.