Pe 21 mai 2014, FC Botoșani pierdea pe Stadionul Municipal, în ultima etapă din Liga 1, în fața celor de la Dinamo București (scor 1-2). Echipa patronată de Valeriu Iftime, antrenată de Leo Grozavu, cu Marius Croitoru căpitan de echipă, încheia atunci primul an în Liga 1 și se situa pe un onorant loc 8.
"Este un sentiment extraordinar de plăcut. Nu este ușor pentru o nou-promovată să termine pe locul 8, la primul sezon al său în Liga 1. Pentru noi este ceva frumos, dar în același timp trebuie să fim conștienți că este doar un punct de pornire", spunea imediat după meciul cu Dinamo căpitanul echipei FC Botoșani, Marius Croitoru.
"Vă mulțumesc pentru tot ce ați făcut anul acesta. Este un moment când chiar suntem priviți cu invidie și suntem mândri când spunem că suntem de la Botoșani. Nu ne-am putut mândri cu personalități imense din literatură, cum este Eminescu, Iorga, așa cum ne-am mândrit într-un an de zile și cât am câștigat în imagine. Am câștigat și mult respect. Ați fost o echipa curajoasă și îi mulțumesc lui Leo că a făcut o echipă curajoasă. Ați avut un comportament care ne-a produs multă bucurie. Faptul că am luat bătaie de la Dinamo este ca într-un film în care actrița pe care o plăceam eu a pierdut. Nu e nimic că am pierdut", le-a spus Valeriu Iftime jucătorilor.
Noul club FC BOTOȘANI a fost fondat în anul 2001. Prima participare a acestui club în Divizia C, Seria I, sezonul 2001 – 2002, a dus la ocuparea unui onorabil loc doi la finalul campionatului.
Următorul sezon, 2002/2003 FC BOTOȘANI se clasează pe locul 6.
În sezonul 2003/2004 clubul botosanean reușește să promoveze în Divizia B după ce a depășit cu un singur punct în clasament echipa FCM Bacău II.
În 2005, Valeriu Iftime, președintele Consiliului de Administrație, a preluat clubul după exemplul francez.
Începând din sezonul 2013-2014, fără întrerupere, FC Botoșani joacă în Liga I.