Intr-una dintre calatoriile sale spre Cetatea Alba, a discutat in contradictoriu pe teme religioase cu catolicul Reiz. La sfarsitul acestei calatorii, catolicul i-a spus conducatorului tatar al cetatii ca Ioan doreste sa devina musulman.
Dar in fata tatarului, Ioan marturiseste ca Hristos este singurul Dumnezeu. Dupa multe chinuri, Ioan cel Nou de la Suceava a fost tarat prin cetate de coada unui cal. In urma acestei pedespe Ioan se roaga lui Dumnezeu: "Iti multumesc, Stapane, Doamne, ca m-ai invrednicit pe mine, ticalosul, sa-mi spal pacatele cu insusi sangele meu si curat a ma face de faradelegile mele cele multe ce am savarsit inaintea Ta, din pricina neputintei omenesti.
Unul dintre chinuitori, uimit de puterea cu care Ioan primea chinurile, a scos sabia si i-a taiat capul. Desi nu s-a permis ingroparea lui, acest lucru a fost posibil dupa ce prin minune, trei ingeri au tamaiat trupul sau. Mai tarziu, Ioan i s-a aratat in vis unui preot, care i-a luat moastele si le-a asezat in altarul bisericii in care slujea. Acolo au stat pana cand sfintele sale moaste au fost luate de Alexandru cel Bun (1400-1432) si aduse la Suceava, pe 24 iunie 1402. Moastele sfantului Ioan cel Nou au fost asezate in biserica Mirautilor, pe atunci catedrala mitropolitana.
Amintim ca in anul 1950, la propunerea Sfantului Sinod al Bisericii Ortodoxe, intre sfintii cu moaste din Romania al caror cult a fost generalizat in toata Biserica, s-a aflat si Sfantul Ioan cel Nou de la Suceava.