Transport Rutier:
Botoşani este situat la intersecţia drumurilor naţionale 29B (Târgu Frumos-Dorohoi) şi 29 (Suceava-Săveni), implicit pe traseul drumului european E58, ce leagă graniţa de nord-vest a ţării, Halmeu, cu cea de est, nord-est, Sculeni. Astfel, oraşul a fost din cele mai vechi timpuri o punte de legătură între România şi zona Bucovinei şi a Basarabiei de nord, şi, de asemenea, cu Ucraina, Polonia şi Rusia. Din punct de vedere turistic, de aici se poate ajunge cu uşurinţă la mănăstirile din zona Bucovinei (Voroneţ, Moldoviţa, Suceviţa, Putna), cât şi la cele din judeţ, cum ar fi Vorona sau cele nemţene şi ieşene. De asemenea, se poate ajunge uşor la Lacul de acumulare Stânca-Costeşti, cel mai mare lac de acumulare din ţară, situat pe Prut, la graniţa cu Republica Moldova. Autostrada A4, care va face legătura dintre Iaşi şi Târgu Mureş, se va situa la 70 km distanţă. Legătura de la Botoşani la traseul tronsonului Iaşi-Târgu Frumos-Târgu Neamţ se va face pe E58.
În municipiu există mai multe autogări din acestea se asigură curse zilnice către alte oraşe din ţară ( ex.:Braşov, Bucureşti, Cluj-Napoca, Constanţa, Iaşi, Timişoara, etc.) şi către majoritatea localităţilor din judeţ. Principalele probleme ale transportului rutier intrajudeţean o constituie existenţa piraţilor auto şi starea proastă a reţelei de drumuri.
Transport Aerien:
Cel mai apropiat aeroport este cel din Aeroportul Suceava-Salcea, aflat la 33 de kilometri. Acesta are curse regulate cu Aeroportul Internaţional Otopeni - Bucureşti si cu Viena. În apropiere mai sunt Aeroportul Internaţional Iaşi - care are curse regulate cu Viena, Budapesta, Bucureşti şi Timişoara, şi Aeroportul Bacău - care are curse regulate cu oraşe din Italia şi Spania, îndeosebi Roma.
Transport Feroviar:
Linia de cale ferată Vereşti-Botoşani (44 km) a fost dată în exploatare în anul 1871. Prin această linie, municipiulul Botoşani este conectat la una dintre cele mai importante magistrale feroviare ale ţării, cea care asigură legătura între Bucureşti-Suceava-Vicşani. În oraş există o singură gară. Pentru a fi viabilă din punct de vedere tehnic şi economic, la nivelul cerinţelor secolului XXI, calea ferată Vereşti-Botoşani trebuie reconsolidată pentru o viteză comercială superioară, trebuie centralizată electrodinamic, electrificată şi dublată cel puţin pe porţiunea Leorda-Botoşani (15 km). De-a lungul timpului au fost întreprinse mai multe demersuri pentru realizarea unei conexiuni feroviare directe între oraşele Botoşani şi Iaşi, astfel încât, în zona Botoşani, transportul feroviar să devină eficient din punct de vedere economic. Un proiect care avea în vedere o cale ferată Iaşi-Hârlău-Botoşani a fost materializat iniţial doar pe jumătate, între Iaşi şi Hârlău, iar apoi, în anii 80-90, între Hârlău şi Flămânzi, porţiune care însă nu a fost finalizată, lucrările executate fiind azi în curs de degradare. Un alt proiect care prevedea o legătura feroviară între Botoşani şi staţia Todireni de pe linia Iaşi-Dorohoi a rămas doar în stadiul de lege aprobată de Parlament în perioada interbelică. Pe lângă faptul că ar revitaliza din punct de vedere economic zona văii Jijiei, varianta de traseu Botoşani-Todireni (aproximativ 50 km, de-a lungul văii râului Sitna) ar putea fi, de asemenea, parte a preconizatei legături feroviare dintre Botoşani şi oraşul Bălţi din Republica Moldova.